Tematyka badawcza

---

• Ocena bioróżnorodności gatunków drzew leśnych i grzybów na podstawie markerów molekularnych
• Molekularne i biochemiczne podstawy determinacji płci u roślin drzewiastych
• Biologia cisa pospolitego Taxus baccata (L.)

Kariera naukowa

---

• 2019-obecnie - adiunkt w Katedrze Ochrony Ekosystemów Leśnych na Wydziale Leśnym Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie
• 2008-2019 - adiunkt w Zakładzie Fitopatologii Leśnej, Mykologii i Fizjologii Drzew na Wydziale Leśnym Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie
• 2006-2008 - asystent w Katedrze Fitopatologii Leśnej na Wydziale Leśnym Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie
• 2005 - obrona rozprawy doktorskiej pt.: „Cechy morfologiczne, fizjologiczne i biochemiczne populacji cisa pospolitego (Taxus baccata L.) występujących w rezerwatach Polski południowej.”
• 1999-2005 - studia doktoranckie na Wydziale Leśnym Akademii Rolniczej w Krakowie, m. in. główny wykonawca grantu promotorskiego KBN: „Wykorzystanie technik hodowli in vitro dla aktywnej ochrony cisa pospolitego (Taxus baccata L.) na stanowiskach naturalnych”
• 1999 - obrona pracy magisterskiej pt.: „Opracowanie technologii uzyskiwania nieembriogennego kalusa Abies grandis (Lindl.) do badań fizjologicznych i biochemicznych.”
• 1994-1999 - studia magisterskie na kierunku leśnictwo, na Wydziale Leśnym Akademii Rolniczej w Krakowie, specjalność fizjologia roślin z biochemią

Aktywność naukowa

---

Profile ResearchGate: : https://www.researchgate.net/profile/Marcin_Zarek
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=2hokZ0cAAAAJ&hl=pl

Doświadczenie naukowe

---

Udział w projektach badawczych:

• Wykorzystanie technik hodowli in vitro dla aktywnej ochrony cisa pospolitego (Taxus baccata L.) na stanowiskach naturalnych (2002-2004), główny wykonawca
• Badanie zróżnicowania genetycznego grzybów powodujących zamieranie pędów sosny przy pomocy markerów molekularnych, (2005-2008), wykonawca
• Wieloaspektowe badania nad zróżnicowaniem genetycznym grzybów uczestniczących w procesie zamierania jesionu (2009-2012), wykonawca
• Mechanizmy autoregulacyjne w naturalnych lasach mieszanych - znaczenie dostępności nasion i dostępności bezpiecznych nisz regeneracyjnych dla sukcesu reprodukcyjnego Abies alba Mill. w gradiencie składów gatunkowych drzewostanów (2013-2016), główny wykonawca
• Opracowanie i wdrożenie innowacyjnej, wielofunkcyjnej platformy nadrzewnej z bezinwazyjnym systemem mocowania, projekt przyznany przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju w ramach Programu Operacyjny Inteligentny Rozwój 2014-2020, wykonawca

Publikacje:

• Paluch Jarosław, Zarek Marcin, Kempf Marta: The effect of population density on gene flow between adult trees and the seedling bank in Abies alba Mill, w: European Journal of Forest Research, vol. 138, nr 2, 2019, ss. 203-217, DOI:10.1007/s10342-019-01162-w
• Zarek, M. 2016. Seasonal fluctuations of photosynthetic pigments content in Taxus baccata needles. Dendrobiology 76, 13–24. DOI:10.12657/denbio.076.002
• Zarek M. 2016. Preliminary studies on the molecular identification of sex in Taxus baccata L. Forest Research Papers, 77 (1): 68–75 DOI: 10.1515/frp-2016-0008
• Zarek M, Banach J. 2014. Zmienność genetyczna u Taxus baccata L. W: Banach J. Jagoda L. Mirek-Michalska B. Pawelec M. Ochrona cisa pospolitego i jego restytucja na terenie RDLP w Krakowie, PGL LP RDLP w Krakowie
• Kraj W., Kowalski T., Zarek M. 2013. Structure and genetic variation of Diplodia mutila on declining ashes (Fraxinus excelsior) in Poland. Journal of Plant Pathology 95(3):499-507
• Kraj W., Zarek M., Kowalski T. 2012. Genetic variability of Chalara fraxinea, dieback cause of European ash (Fraxinus excelsior L.). Mycological Progress 11:37–45
• Marcin Zarek, 2009, RAPD analysis of genetic structure in four natural populations of Taxus baccata from southern Poland. Acta Biologica Cracoviensia series Botanica 51/2: 67-75
• Marcin Zarek, Piotr Waligórski 2009, Determination of 10-deacetylbaccatine III in Taxus baccata needles by micellar electeroninetic chromatography. HerbaPolonica, Vol. 55: 2 25-35
• Wojciech Kraj, Tadeusz Kowalski, Marcin Zarek, 2009, Differentiation and Genetic Structure of Sclerophoma pythiophila (CORDA) V. HOEHN. Strains Associated with Various Damage and Disease Symptoms on Pinus sylvestris L. Acta Agrobotanica Vol. 62 (1): 57–65
• Zarek M., 2007, A practical method for overcoming the dormancy of Taxus baccata isolated embryos under in vitro conditions. In Vitro Cell.Dev.Biol.-Plant, 43, 623-630.
• Zarek M., 2007, Variability of morphological features of needles, shoots and seeds of Taxus baccata L. in nature reservations of southern Poland. EJPAU, 10(3), #05.

Udział w konferencjach krajowych i zagranicznych:

• Zarek M., Waligórski P. 2002 Comparison of two Methods of Taxanes Determination. Book of Abstracts. International Symposium on Electrokinetic Phenomena, Cracow, Poland, August 18-22, 2002
• Marcin Zarek, Wojciech Kraj, Genetic Diversity of Polish Isolates of Hymenoscyphus, the Teleomorph of Chalara fraxinea, the Causal Agent of Ash Dieback. The Scientific Committee of the XVII Congress of the Federation of European Societies of plant Biology (FESPB), Valencia, 4-9 July 2010.
• Kraj W., Zarek M., Kowalski T. 2012. Genetic Variability of Chalara fraxinea, Dieback Cause of European Ash (Fraxinus excelsior L.). MC/WG Science meeting of the Cost Action FP1103 - Fraxinus dieback in Europe: elaborating guidelines and strategies for sustainable management (FRAXBACK), 12-14th of November 2012, Vilnius, Lithuania.
• Zarek Marcin, Rogowska Marta, Sezonowe zmiany zawartości barwników asymilacyjnych i produktów ich rozpadu u różnowiekowych igieł cisa p, ospolitego Taxus baccata L. oraz cisa japońskiego Taxus cuspidata Siebold & Zucc. Seminarium Naukowo-Szkoleniowe: Rozmnażanie cisa pospolitego jako element ochrony i restytucji gatunków drzew leśnych w jednostkach Lasów Państwowych; Stary Sącz, Nawojowa, 13 czerwca 2014 r
• Zarek Marcin, Preliminary studies on the molecular identification of sex in Taxus baccata L Międzynarodowa konferencja: the 4th International Yew Workshop in Monastery of Poblet, Spain on October 23-25, 2014
• Marcin Zarek, Marta Kempf, Mitochondrial and chloroplast DNA haplotypes distribution patterns of Polish Carpathian silver fir. Międzynarodowa konferencja IUFRO "Perspektywy hodowli jodły w zmieniającym się środowisku". 28-30 maja 2019 roku Kraków
• Marcin Zarek, Marta Kempf, Paluch Jarosław,The genetic variation in the Abies alba Mill. population in the Carpathians - impact of the two refugial lineages. Międzynarodowa konferencja IUFRO "Perspektywy hodowli jodły w zmieniającym się środowisku". 28-30 maja 2019 roku Kraków
• Marcin Zarek, Dynamika zmian zawartości cukrów rozpuszczalnych i nierozpuszczalnych w różnowiekowych igłach męskich i żeńskich osobników cisa pospolitego Taxus baccata L. Międzynarodowa Konferencja Jubileuszowa Wydziału Leśnego „Z tradycją w nowoczesność dydaktyki i badań leśnych” 27-29 wrzesień 2019 r. Kraków

Recenzje dla czasopism:

• Journal of Agricultural Science and Technology
• Caryologia
• Dendrobiology
• Journal of Horticulture and Plant Research
• Acta Scientiarum Polonorum Series Hortorum Cultus

Research interests:

---

• Biodiversity assessment of forest tree species and fungi based on molecular markers
• Molecular and biochemical aspects of sex determination in woody plants
• Biology of common yew Taxus baccata (L.)

Education and employment:

---

• 2019 – present - post-doc (adiunkt) at the Department of Forest Ecosystem Protection, Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow, Poland
• 2008 – 2019 - post-doc (adiunkt) at the Department of Forest Pathology, Mycology and Tree Physiology, Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow, Poland
• 2006-2008 assistant at the Department of Forest Pathology, Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow, Poland
• 23.02.2005 - Ph.D. in forestry sciences: „Morphological, physiological and biochemical features of Taxus baccata (L.) population from south Poland" - Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow
• 1999-2004 Ph.D. Studies at the Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow, Poland
• 16.07.1999 - M.Sc.in plant physiology: „Development of technology for obtaining nonembryogenic callus of Abies grandis (Lindl.) for the physiological and biochemical studies.” - Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow
• 1994-1999 M.Sc. Studies at the Faculty of Forestry, University of Agriculture in Krakow, Poland, speciality: plant physiology

Scientific Activity

---

Profile ResearchGate: : https://www.researchgate.net/profile/Marcin_Zarek
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=2hokZ0cAAAAJ&hl=pl

Publications

---

• Paluch Jarosław, Zarek Marcin, Kempf Marta: The effect of population density on gene flow between adult trees and the seedling bank in Abies alba Mill, w: European Journal of Forest Research, vol. 138, nr 2, 2019, ss. 203-217, DOI:10.1007/s10342-019-01162-w
• Zarek, M. 2016. Seasonal fluctuations of photosynthetic pigments content in Taxus baccata needles. Dendrobiology 76, 13–24. DOI:10.12657/denbio.076.002
• Zarek M. 2016. Preliminary studies on the molecular identification of sex in Taxus baccata L. Forest Research Papers, 77 (1): 68–75 DOI: 10.1515/frp-2016-0008
• Zarek M, Banach J. 2014. Zmienność genetyczna u Taxus baccata L. W: Banach J. Jagoda L. Mirek-Michalska B. Pawelec M. Ochrona cisa pospolitego i jego restytucja na terenie RDLP w Krakowie, PGL LP RDLP w Krakowie
• Kraj W., Kowalski T., Zarek M. 2013. Structure and genetic variation of Diplodia mutila on declining ashes (Fraxinus excelsior) in Poland. Journal of Plant Pathology 95(3):499-507
• Kraj W., Zarek M., Kowalski T. 2012. Genetic variability of Chalara fraxinea, dieback cause of European ash (Fraxinus excelsior L.). Mycological Progress 11:37–45
• Marcin Zarek, 2009, RAPD analysis of genetic structure in four natural populations of Taxus baccata from southern Poland. Acta Biologica Cracoviensia series Botanica 51/2: 67-75
• Marcin Zarek, Piotr Waligórski 2009, Determination of 10-deacetylbaccatine III in Taxus baccata needles by micellar electeroninetic chromatography. HerbaPolonica, Vol. 55: 2 25-35
• Wojciech Kraj, Tadeusz Kowalski, Marcin Zarek, 2009, Differentiation and Genetic Structure of Sclerophoma pythiophila (CORDA) V. HOEHN. Strains Associated with Various Damage and Disease Symptoms on Pinus sylvestris L. Acta Agrobotanica Vol. 62 (1): 57–65
• Zarek M., 2007, A practical method for overcoming the dormancy of Taxus baccata isolated embryos under in vitro conditions. In Vitro Cell.Dev.Biol.-Plant, 43, 623-630.
• Zarek M., 2007, Variability of morphological features of needles, shoots and seeds of Taxus baccata L. in nature reservations of southern Poland. EJPAU, 10(3), #05.

Research projects

---

• The use of in vitro techniques for the active protection of common yew (Taxus baccata L.) in natural stands. (2002-2004), Contractor
• The study on genetic diversity of fungi causing pine shoots decay using molecular markers. (2005-2008), Contractor
• Multifaceted research on the genetic diversity of fungi involved in the ash decay process, (2009-2012), Contractor
• Auto-regulative mechanisms in natural mixed forests - importance of the availability of seeds and save regenerative niches for reproductive success of Abies alba Mill. in a gradient of stand species composition (2013-2016), Contractor
• Development and implementation of an innovative, multi-functional platform of non-invasive arboreal fixing system, (2014-2020), Contractor

Conferences

---

• Zarek M., Waligórski P. 2002 Comparison of two Methods of Taxanes Determination. Book of Abstracts. International Symposium on Electrokinetic Phenomena, Cracow, Poland, August 18-22, 2002
• Marcin Zarek, Wojciech Kraj, Genetic Diversity of Polish Isolates of Hymenoscyphus, the Teleomorph of Chalara fraxinea, the Causal Agent of Ash Dieback. The Scientific Committee of the XVII Congress of the Federation of European Societies of plant Biology (FESPB), Valencia, Spain. 4-9 July 2010.
• Kraj W., Zarek M., Kowalski T. 2012. Genetic Variability of Chalara fraxinea, Dieback Cause of European Ash (Fraxinus excelsior L.). MC/WG Science meeting of the Cost Action FP1103 - Fraxinus dieback in Europe: elaborating guidelines and strategies for sustainable management (FRAXBACK), 12-14th of November 2012, Vilnius, Lithuania.
• Zarek Marcin, Rogowska Marta, Seasonal changes in the content of assimilation dyes and their decay products in the different age needles of Taxus baccata L. and Taxus cuspidata Siebold & Zucc; Stary Sącz, Nawojowa, Poland, 13 June 2014
• Zarek Marcin, Preliminary studies on the molecular identification of sex in Taxus baccata L Międzynarodowa konferencja: the 4th International Yew Workshop in Monastery of Poblet, Spain 23-25 October 2014
• Marcin Zarek, Marta Kempf, Mitochondrial and chloroplast DNA haplotypes distribution patterns of Polish Carpathian silver fir. International conference: Ecology and Silviculture of Fir - Prospects for fir management in a changeable environment. The 50th anniversary of Abies IUFRO unit. Kraków, Poland, 28-30 May 2019
• Marcin Zarek, Marta Kempf, Paluch Jarosław, The genetic variation in the Abies alba Mill. population in the Carpathians - impact of the two refugial lineages International conference: Ecology and Silviculture of Fir - Prospects for fir management in a changeable environment. The 50th anniversary of Abies IUFRO unit. Kraków, Poland, 28-30 May 2019
• Marcin Zarek, The pattern of changes in the content of soluble and insoluble carbohydrates in the different age needles of male and female Taxus baccata L. individuals. Jubilee Conference: With tradition in the modernity of forest didactics and science, 70th Anniversary of the establishment of the Forest Department in Krakow, Poland. 27-29 September 2019

Reviews

---

• Journal of Agricultural Science and Technology
• Caryologia
• Dendrobiology
• Journal of Horticulture and Plant Research
• Acta Scientiarum Polonorum Series Hortorum Cultus